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实习深圳每周至少出勤3-4天，连续实习3个月以上

分子动力学 / CADD 实习生

实习分子动力学CADDMD模拟

岗位职责

  • 体系构建与模拟：独立搭建蛋白质–多肽复合物的MD模拟体系，并开展高效的构象采样与动力学模拟。
  • 力场参数化：负责非天然氨基酸（NCAA）及修饰残基的力场参数化工作（包括电荷计算、原子类型分配、键合参数拟合及验证）。
  • 轨迹分析与机制探究：深入分析结合界面特征、残基柔性、分子间相互作用及构象变化，评估天然与非天然氨基酸取代对多肽构象、结合模式和稳定性的影响。
  • 干湿实验结合：将MD模拟结果与NMR等结构/动力学实验数据进行交叉验证，提出具有指导意义的、可被实验验证的研究假设。
  • 流程沉淀：协助建立和优化规范、自动化、可重复的计算与分析Pipeline。

任职要求

  • 计算化学、生物物理、结构生物学、药学或相关专业的在读硕士或博士研究生（优秀的本科生亦可）。
  • 软件技能：熟练使用 GROMACS、AMBER、OpenMM 等至少一种主流MD引擎；掌握 Python 编程及 Linux 环境操作，能熟练使用 GPU 或 HPC 集群进行计算。
  • 专业知识：熟悉蛋白质–多肽体系的构建与轨迹分析；对力场底层逻辑有一定理解。
  • 参数化经验：具有非天然氨基酸、小分子或新残基的力场参数化实操经验。
  • 综合素质：具备良好的科研品味、数据分析能力、英文文献阅读能力以及规范的文档记录习惯。

加分项

  • 具有量子化学计算（Gaussian/ORCA等）、增强采样（如 Replica Exchange, Metadynamics）、自由能计算（FEP/TI）经验者优先。
  • 有 NMR 数据分析经验，或了解如何将计算结果与 NMR 驰豫/NOE 数据进行对接者优先。